Για την επίτευξη των στόχων του, το CLEO έχει αναπτύξει συνεργασίες με τους ακόλουθους φορείς:

• Νοσοκομεία και Πανεπιστήμια του Εξωτερικού
• Επιλεγμένα Τμήματα Γενικών και Πανεπιστημιακών Νοσοκομείων – Πανεπιστήμια   
• Αστικές Μη Κερδοσκοπικές Εταιρείες   
• Ελληνική Εταιρεία Φαρμακοεπιδημιολογίας (ΕΛΕΦΕΠ)

Συνεργαζόμενα Νοσοκομεία & Πανεπιστήμια του Εξωτερικού:

• Πανεπιστήμιο της Πενσυλβάνια – Perelman School of Medicine
• Παιδιατρικό Νοσοκομείο της Φιλαδέλφεια (CHOP) – Τμήμα Λοιμωδών Νοσημάτων
• St George’s University of London
• Ondokuz Mayis University Hospital, Τουρκία
• Eskisehir Osmangazi University, Τουρκία
• Gazi University Faculty of Medicine, Άγκυρα, Τουρκία
• Federal Scientific and Clinical Centre of Pediatric Hematology, Ρωσία
• Vanderbilt University
• Columbia University